Государственный природный заповедник создан 24 января 1993 г. В 1997 г. особо охраняемой природной территории присвоен биосферный статус.

Это означает, что в непосредственной близости с заповедными территориями допускается ограниченное природопользование на основе традиционного хозяйствования, имеющего многовековую традицию – жить с природой в гармонии, поддерживая экологическое равновесие. Присвоение такого статуса – высокая оценка традиционному природопользованию людей, живущих в котловине, выражение большого доверия в том, что ведение такого образа жизни не нанесет непоправимого ущерба охраняемой дикой природе. В настоящее время в котловине ведется традиционное кочевое пастбищное животноводство.

В 2000 году территории заповедника была расширена за счет включения участков земель Овюрского, Бай-Тайгинского, Сут-Хольского кожуунов, также значительно расширен участок в Монгун-Тайгинском кожууне.

В 2003 году решением 27 сессии комитета Всемирного наследия ЮНЕСКО территория заповедника включена в список объектов Всемирного природного и культурного наследия ЮНЕСКО.

23.01.18 Пресс-служба Минприроды России