В 80-е годы ХХ столетия тогда ещё в заповеднике «Столбы» было введено зонирование территории, в связи с исторически сложившейся традиции свободного и массового посещения скального района. Зонирование предусматривало различные режимы охраны: заповедное ядро (90 % от всей площади), туристско-экскурсионный район (ТЭР – 3% от площади), буферная зона (посещение по спец. пропускам).

Постановлением Правительства РФ от 28 ноября 2019 года заповедник был преобразован в национальный парк «Красноярские Столбы», так как на территории, в силу сложившихся обстоятельств, имелась рекреационная и иная деятельность, не соответствующая режиму заповедника, но допустимая в национальном парке.

С преобразованием «Столбов» в национальный парк, наконец, было приведено в соответствие с законом фактическое существование зонирования, которое обеспечивает свободное и массовое нахождение людей на территории туристско-экскурсионного района.

Национальный парк по-прежнему находится в ведении Минприроды России. Преобразование осуществлено без изменения (уменьшения) границ и площади особо охраняемой природной территории (ООПТ).

Единственное новшество преобразования – переименование зон. Буферная зона стала зоной особой охраны. Заповедное ядро – заповедной зоной, а туристско-экскурсионный район – рекреационной зоной. Кроме того, часть скал из буферной зоны перешла в рекреационную и стала доступной для посетителей.

Итак, вся территория национального парка «Красноярские Столбы» разделена на 3 части с разным режимом охраны.

Наиболее посещаемая и знакомая для туристов – рекреационная зона, занимающая 4,8 % всего нацпарка (2,26 тыс.га). Она открыта для свободного посещения с условием соблюдения Правил, регулирующих нормы поведения и отношения туристов на особо охраняемой природной территории. Основная рекреационная нагрузка по-прежнему выражена в массовом посещении «Центральных Столбов» (около 500 тыс. туристов в год), хотя в последние годы всё большую популярность набирает Восточный вход, благодаря своей транспортной доступности, современному туристическому и эколого-познавательному обустройству.

Большая часть национального парка – закрытая для посещения заповедная зона (89,6 % площади, 43,16 тыс.га). Доступ в неё разрешен только сотрудникам заповедника, для выполнения природоохранных и научно-исследовательских работ.

Между двумя этими зонами выделена третья – зона особой охраны (5,6 % площади, 2,64 тыс. га) с ограниченным доступом, регулирующимся специальным разрешением администрации нацпарка. В остальном режим зоны особой охраны соответствует режиму заповедной зоны.

В целях улучшения экологической обстановки в национальном парке, уменьшения отрицательного воздействия антропогенной деятельности на охраняемые природные комплексы, воспроизводства видов растений и животных с сокращающейся численностью, выполнения экспериментальных научно-исследовательских работ, недопустимых на территории самого национального парка «Красноярские Столбы», вокруг него (по всему периметру) установлена охранная зона шириной около 2 км с особым режимом природопользования.